一、破坏豆粕中抗营养因子豆粕中含有胰蛋白酶抑制因子、低聚糖、凝集素、植酸、脲酶等抗营养因子，在发酵过程中通过微生物作用、酶及发酵产生有机酸的作用，使得抗营养因子被降解或者钝化，从而得到破坏。
　　二、消除豆粕蛋白的抗原性豆粕蛋白具有很强的抗原性，在发酵过程中，主要是通过降解而使其失去抗原性。大量研究表明，豆粕中存在的抗原物质能引起仔猪等幼龄动物的肠道过敏——损伤，进而引起腹泻。已证实，引起断奶仔猪过敏反应的主要抗原是大豆球蛋白和β——伴大豆球蛋白。
　　三、降解大分子蛋白质，形成易吸收的小肽蛋白豆粕中主要组分11S和7S是大分子蛋白，分子量分别为350KD和180KD，通过发酵酶解，被降解为可溶于水的小分子氨基酸及小肽，利于动物的吸收利用。
　　四、形成各种有益发酵产物豆粕发酵一般采用枯草芽孢杆菌、酵母菌和乳酸菌等农业部批准安全菌株，产品发酵后往往含有较高数量的有益菌及有机酸、酶、维生素等代谢产物。
　　五、增强机体免疫功能：益生菌是良好的免疫激活剂，激活机体体液免疫和细胞免疫，不但显著提高蛋鸡血清中新城疫Hl抗体水平，而且还能显著增加血液中淋巴细胞比例和白细胞吞噬指数，从而增强了蛋鸡的免疫力和抗病力。减少抗生素的使用或替代部分抗生素，具有营养和提高免疫力的双重作用。
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